南京市中西医结合医院
南京市中西医结合医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、养生为一体的国家公立三级甲等中西医结合医院。医院位于南京城东，北揽钟山、东望长江、南眺秦淮、西邻玄武。定编床位500张，年门急诊量超过78万人次。医院现为国家重点中西医结合医院、国家“治未病”预防保健服务试点单位、国家中医药预防保健及康复与临床服务能力项目建设单位、国际紧急救援中心网络医院、中医住院医师规范化培训基地、中医类别全科医生规范化培养基地、南京中医药大学国际针灸培训中心临床实习基地、南京市120急救中心中西医结合培训基地、江苏省首批中医药
南京市江宁中医院
1984年12月南京市江宁县中医院成立，2004年挂牌南京市惠民中医院，2009年通过二级甲等中医医院评审，2010年成为南京中医药大学教学医院，2015年成立了南京市急救中心江宁中医院急救分站，2020年创成“江苏省平安医院”、“江苏省健康促进医院”、“江苏省公共机构节能示范单位”，现已发展成为一所集医疗、急救、科研、教学、康复、保健为一体的三级中医医院。
南京市六合区中医医院
南京市六合区中医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的二级甲等中医综合性医疗机构，位于六合区龙池街道新棠路181号，占地面积55.6亩，总建筑面积5万余平方米，设置床位400张，设有妇产科、外科、肛肠科、骨伤科、眼科、耳鼻喉科、内科、康复科等病区。是南京中医药大学实习医院、南京市第一医院集团医院、江苏省中医院社区卫生服务基地以及南京市中医院、南京市口腔医院专家会诊中心，江苏省中医药学会高级专家会诊中心。
南京市中心医院
南京市中心医院（南京市市级机关医院）成立于1949年，是南京市首任市长、开国元帅刘伯承为机关干部保健而创建的医疗所，原名南京地区公费医疗第三门诊部、南京市市级机关门诊部、南京市市级机关医院；2015年3月更名为南京市中心医院（南京市市级机关医院），是集医疗、保健、教学、科研为一体的二级甲等综合医院，面向社会提供医疗服务。历年来，病员综合满意度平均达到98%，医院每年收到患者的表扬信百余封、锦旗和牌匾数十面，先后荣获省、市“文明单位”“节能示范单位”“精神文明建设先进单位”“模范职工之家”“巾帼文明示范岗”
南京市浦口区中医医院
南京市浦口区中医院始建于1988年，座落于南京市长江北岸，毗邻自然景色静谧秀丽的十万亩国家级森林公园-老山国家森林公园脚下，是一所具有医疗、教学、科研、预防、保健、急救为一体的三级综合性中医医院。医院一直秉承着“树星级服务，创品牌中医院”的创院方针，致力于培养名医、打造名科、建设名院。医院先后荣获“南京市三信三优单位”、“南京市敬老文明号”等光荣称号。
江苏省第二中医院
南京中医药大学第二附属医院（江苏省第二中医院）成立于1988年12月，为江苏省针灸推拿医院、江苏省第二红十字中医院、江苏省第二中医院互联网医院、南京中医药大学第二临床医学院，也是江苏省涉外教学医院。医院本部位于南京市河西地区，是一所融医疗、教学、科研、预防保健为一体的公立省级综合性三级甲等中医院。
南京鼓楼医院
南京鼓楼医院（南京大学医学院附属鼓楼医院），建于1892年，为中国最早的西医院之一。自新中国成立到改革开放初期，鼓楼医院医教研管各方面取得快速发展，目前已发展成为学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、科研实力较强的大型研究型综合性三级甲等医院。目前床位3800张，在岗职工5000余人。
南京市中医院
南京市中医院，是南京中医药大学第三附属医院，亦为南京肛肠病医院、南京市红十字中医医院。前身经历南京警察厅医务所、公安医院、直属医院等变迁，1956年正式组建并更名为南京市中医院。她座落在闻名海内外的夫子庙秦淮河畔，是一所集医疗、预防、科研、教学、保健、康复为一体和设备先进、技术雄厚、专科齐全、管理有序的三级甲等综合性中医医院。
南京市第一医院
南京市第一医院（南京医科大学附属南京医院），是卫生部首批三级甲等综合性医院。南京医科大学第三临床医学院、南京市心血管病医院、国家药物临床试验机构、国家首批心脏移植准入医院、国家首批工伤康复试点机构、国家良性前列腺增生健康管理基地、卫生部冠脉介入培训基地、卫生部内镜诊疗技术培训基地、卫计委临床药师培训基地、卫计委外周血管介入培训基地、卫计委中国心脏冠脉搭桥外科医师培训基地、江苏省全科医生培养省级示范临床基地、江苏省专科护士培训基地、中华医学会麻醉分会气道管理培训基地江苏省心血管药物临床试验服务中心、江苏省冠
中国医学科学院皮肤病医院
中国医学科学院皮肤病医院（皮肤病研究所）（以下简称“院所”）1954年创建于北京，始名中央皮肤性病研究所，直属中央卫生部领导，1984年迁南京现址，是我国最早成立的从事皮肤病、性病、麻风病，集医、教、研、防于一体的唯一国家级专业机构，也是中国疾病预防控制中心性病控制中心、麻风病控制中心，承担国家性病、麻风病防治任务。现有在职职工435人，其中高级职称78人，博士生导师14人，硕士生导师25人。享受政府特殊津贴专家14人。
江苏省人民医院浦口分院
江苏省人民医院浦口分院（南京市浦口区中心医院）创建于1949年，是一所集预防、医疗、教学、科研于一体的二级甲等综合性医院，位于南京江北国家级新区，占地面积168亩，现开放床位640张。是浦口区投资最大、重点打造的社会民生事业单位，是浦口地区的医疗龙头单位。目前正在积极创建三级综合医院，并已列入区政府“十三五”发展规划，在江北新区建设中优先布局建设，以分流主城就医压力，逐步解决当地老百姓就医困难。2018年7月浦口区人民政府与江苏省人民医院签订“院府合作”协议，成立江苏省人民医院浦口分院，并为南京医科大学教
南京江北医院
南京江北医院（原南化医院）始建于1934年，是江北地区规模大、技术力量强、功能齐全的一所综合性医院。2011年4月被江苏省卫生厅确认为三级医院。是东南大学医学院和南通大学的附属医院；是省化工职业病防治所；江苏省石化系统急性中毒抢救中心；东南大学(江北)新生儿疾病研究所；南京市首批26家“药品价格信得过单位”之一；省市医保的AAA级诚信单位；南京市第一个取得省卫生厅颁发的职业性健康体检批准书的综合性医院；南京医保、工伤保险指定的职业健康体检医院；市卫生局指定的定点诊治结核病的医院之一；六合区新农合定点医院。